1. 快速內(nèi)切酶XbaI DNA 快速酶切流程:
① 在冰上按如下建議的加樣順序配制反應(yīng)體系:
| 質(zhì)粒 DNA | PCR 產(chǎn)物 | 基因組 DNA |
ddH2O | 15 μl | 16 μl | 30 μl |
10× Cut Buffer 或 10× Cut Color Buffer | 2 μl | 3 μl(a) | 5 μl |
底物 DNA | 2 μl (up to 1 μg) | 10 μl (~0.2 μg) | 10 μl (5 μg) |
NotI | 1 μl | 1 μl | 5 μl |
Total | 20 μl | 30 μl | 50 μl |
a. 本體系適用于經(jīng)過(guò)純化的 PCR 產(chǎn)物酶切。未純化的 PCR 產(chǎn)物具備一定的離子強(qiáng)度,10× Cut Buffer 加入量可適當(dāng)減少至 2 μl。但由于 DNA 聚合酶同時(shí)具有外切酶活性,會(huì)影響酶切產(chǎn)物,因此如下一步需進(jìn)行克隆等操作,建議酶切前對(duì) PCR 產(chǎn)物進(jìn)行純化。
② 輕柔吸打或輕彈管壁以混勻(切勿渦旋),然后瞬時(shí)離心以收集掛壁液滴;
③ 37℃溫育 15 min(質(zhì)粒),或 15~30 min(PCR 產(chǎn)物),或 30~60 min(基因組 DNA);
④ 80℃溫育 20 min 即可使酶失活,停止反應(yīng)(可選)。
2. 雙酶切或多酶切:
① 每種快速內(nèi)切酶的用量為 1 μl,并根據(jù)需要適當(dāng)擴(kuò)大反應(yīng)體系;
② 所有快速內(nèi)切酶的體積總和不得超過(guò)總反應(yīng)體系的 1/10;
③ 如果所用的幾種快速內(nèi)切酶的最適反應(yīng)溫度不同,應(yīng)先以最適溫度低的酶開(kāi)始酶切,再添加最適溫度較高的酶,在其最適反應(yīng)溫度下進(jìn)行酶切反應(yīng)。
3. 適用于質(zhì)粒的擴(kuò)大反應(yīng)體系:
DNA | 1 μg | 2 μg | 3μg | 4 μg | 5 μg |
NotI | 1 μl | 2μl | 3 μl | 4 μl | 5 μl |
10× Cut Buffer 或 10× Cut Color Buffer | 2 μl | 2 μl | 3 μl | 4 μl | 5 μl |
Total | 20 μl | 20 μl | 30 μl | 40 μl | 50 μl |
注:如果總反應(yīng)體系大于 20 μl,應(yīng)適當(dāng)增加溫育時(shí)間,盡量使用水浴、金屬浴或沙浴。
不同 DNA 中的酶切位點(diǎn)數(shù)量:
λDNA | ΦX174 | pBR322 | pUC57 | pUC18/19 | SV40 | M13mp18/19 | Adeno2 |
0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 7 |
甲基化修飾影響:
Dam | Dcm | CpG | EcoKI | EcoBI |
無(wú)影響 | 無(wú)影響 | 序列可能重疊剪切阻斷 | 無(wú)影響 | 無(wú)影響 |
在不同反應(yīng)緩沖液中的活性:
| Cut Buffer | Thermo Scientific FastDigest Buffer | NEB CutSmart® Buffer | Takara QuickCut™ Buffer |
活性 | 100% | 100% | 100% | 100% |