一、免疫共沉淀實驗
免疫共沉淀(Co-Immunoprecipitation,Co-IP),是以(抗體和抗原)之間的專一性作用為基礎的用于研究(蛋白質相互作用)的經(jīng)典方法。是確定兩種蛋白質在完整(細胞內生理性)相互作用的有效方法。如果用蛋白質X的抗體免疫沉淀X,那么與X在體內結合的蛋白質Y也能沉淀下來。區(qū)別于IP實驗, CO-IP與IP只取決于檢測焦點是初級靶分子(抗原)還是次級靶分子(相互作用蛋白)
二、實驗過程
1、提取蛋白。
2、在細胞裂解液中加入抗X的抗體。
3、孵育后再加入Protein A或G(于Agarose 或magnetic beads等介質上)。
若細胞中有與興趣蛋白結合的目的蛋白,就可以形成復合物:“Y—X—抗X抗體—Protein A或G"
4、經(jīng)變性、聚丙烯酰胺凝膠電泳,復合物又被分開。(xy抗原、x抗體)。
5、western blot分析,質譜分析。
三、CO-IP特征
優(yōu)點:
1、相互作用的蛋白質都是經(jīng)翻譯后修飾的,處于天然狀態(tài)。
2、蛋白的相互作用是在自然狀態(tài)下進行的,可以避免人為的影響。
3、可以分離得到天然狀態(tài)的相互作用蛋白復合物。
局限性:
1、可能檢測不到低親和力和瞬間的蛋白質-蛋白質相互作用
2、兩種蛋白質的結合可能不是直接結合,有第三者在中間起橋梁作用;
3、必須在實驗前預測目的蛋白是什么,以選擇檢測的抗體,若預測不正確,實驗就得不到結果
四、實驗的關鍵
1、實驗需要注意點就是抗體的性質。特別是多抗的特異性是問題。
2、為防止蛋白的分解、修飾,溶解抗原的緩沖液必須加蛋白酶抑制劑,低溫下進行實驗。
3、考慮抗體/緩沖液的比例??贵w過少就不能檢出抗原,過多則就不能沉降在beads上,殘存在上清。緩沖劑太少則不能溶解抗原,過多則抗原被稀釋。
4、確定蛋白間的相互作用是發(fā)生在細胞中,而不是由于細胞的溶解才發(fā)生的,這需要進行蛋白質的定位來確定。
五、注意的問題:
1、裂解液
(1)、細胞裂解采用溫和的裂解條件,不能破壞細胞內存在的所有蛋白質-蛋白質相互作用,多采用非離子變性劑(NP40或Triton X-100)。每種細胞的裂解條件是不一樣的,通過經(jīng)驗確定。
(2)、不能用高濃度的變性劑(0.2%SDS),細胞裂解液中要加各種酶抑制劑,
2、免疫沉淀中抗體的選擇
3、抗體
使用對照抗體:(陰性和陽性)
陰性:單克隆抗體:同一種屬的IgG
兔多克隆抗體:正常兔IgG
陽性:細胞內某種蛋白的抗體(做膜蛋白A,用膜蛋白B)
六、未檢測到目得蛋白或蛋白很少
可能原因
1、樣品被蛋白酶降解:
添加蛋白酶抑制劑;所有操作保持4℃以下冰上操作并防止凍融
2、抗體濃度太低:
調整抗體濃度,必要時設立濃度梯度,摸索比較適合濃度
3、抗抗體親合力太低:
選用適合于IP和/或IB的相應抗體
4、IP抗體未與珠子結合:
選用適合于IP的相應珠子,正確保存防止變質或干燥
5、Tag未暴露在融合蛋白構象的表面:
改變tag融合表達部位
6、裂解液嚴謹度太高:
改用低嚴謹度裂解液
七、目得蛋白高背景
可能原因
1、非特異蛋白結合:
(1)在無血清培養(yǎng)液中裂解細胞;
(2)在免疫沉淀前用protein (G/A)珠子預洗,
(3)免疫沉淀后增加漂洗次數(shù)和嚴謹度(高鹽或去垢劑)
2、裂解液嚴謹度太低:
改用高嚴謹度裂解液。
3、實驗儀器或液體被污染:
使用潔凈的儀器或液體。
4、轉移膜上的非特異吸附:
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